成书背景：
《吴江县志》记载，在《温疫论》成书的年前后，吴县连年发生疫病流行，一巷百余家，无一家幸免；一门数十口，无一口幸存。吴又可在《温疫论》原序中说“崇祯辛巳，疫气流行，感者多，于五六月益甚，或合门传染。其于始发之时，每见时师误以正伤寒法治之，未有不殆者……医者彷徨无措，病者日近危笃。病愈急，投医愈乱。不死于病，乃死于医；不死于医，乃死于古册之遗忘也。”他在这样的环境中，深感当时医学的不足，发出“守古法则不合今病，舍今病而别搜古书，斯投剂不效……千载以来，何生民之不幸如此”的感叹，因此在临床实践中“静心穷理，格其所感之气、所入之门、所抵之处，与夫传变之体”，著成《温疫论》，提出必须从病因到治疗对温病与伤寒作明确区分。
内容简介：
其一，创立“戾气”病因学说。吴氏强调温疫与伤寒完全不同。他明确指出:“夫温疫之为病，非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气所感。”这种异气，吴氏为之命名为“戾气”。戾气侵入人体的途径是自口鼻而入。
传播的方式有两种：有天受—通过自然环境而感染，有传染—通过接触患者而感染。此二者只是传播方式的不同，只要感染的是同一种戾气，那么“所感虽殊，其病则一”。戾气具有多样—为病各种、特适—某气专人某脏腑经络专发为某病、偏中—其气各异，所伤不同等特点，同时还具有传染与流行的特点。吴氏认为，“气者，物之变也”，因此，他设想最为理想的治疗是特效治疗，“能知以物制气，一病只有一药，药到病已，不烦君臣佐使、品味加减之劳。”在当时的条件下，吴氏也是苦于此气“无象可见，况无声无臭”，“其来无时，其着无方”，“何能得睹得闻?人恶得而知是气?”但他的这种设想是具有超前意识的科学设想。
其二，创立表里九传辨证论治思维模式。这一辨证模式是围绕“驱邪外出”这样一个中心展开的。吴氏认为伤寒中脉络，因表入里。温疫之气从口鼻而入，初起则邪伏膜原，在不表不里之间。创制达原饮以疏利膜原，溃散邪气。邪溃之后，可能出表，越于三经，可汗而已;也可能达里，内传于胃，可下而解。
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